房地产企业土地增值税如何清算，一般情况如下：房地产企业土地增值税一般是采取先预交后清算的方式进行的（一般的预征率在2%-4%，具体每个地方不一样的）：1、先计算可以扣除项目金额（包括土地成本、建造成本、税金、开发费用及利息、加计扣除等）2、计算收入3、收入－扣除项目金额=增值额4、增值额/扣除项目金额=增值率5、按税率计算税额
纳税人应当如实申报应缴纳的土地增值税税额，保证清算申报的真实性、准确性和完整性。 税务机关应当为纳税人提供优质纳税服务，加强土地增值税政策宣传辅导。主管税务机关应及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及税款计算等情况进行审核，依法征收土地增值税。
如图 土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。