1999年完成的山东曲阜孔子研究院首期工程，一方面弘扬孔子文化，通过对孔子学说的再解释使其在当代发挥出更大作用；另一方面吸收儒家思想和传统文化精华作为设计的理念和灵感的源泉，并通过“抽象继承”等方法弘扬中国的建筑文化。吴良镛在这一工程中坚持从城市设计的角度研究建筑设计，从旧城的十字花瓣布局到新城十字花布局，并通过建筑设计，发掘礼制建筑、书院形式等文化内涵，推进曲阜城市设计。