一方面，并没有确认农村土地应归哪一个农民经济组织所有，由于该规定没有确定哪一些农村集体经济组织可以成为农村土地所有权的主体，土地权属的真正代表者究竟是哪个农村经济组织，也没有专门的法律文件给予确认，因此，不少地方的集体土地所有权证书尚未发出，导致了集体土地所有权主体的缺位，[1]从而使得目前农村集体土地非法转让现象极为严重，耕地大量流失。另一方面，因为乡镇本身作为政府的机构，它并不能完全代表农民来行使对土地的所有权。这本身违背政社分开的原则。尤其是既然是集体土地所有权属于集体成员共同所有，由乡村作为主体，也容易使人误解为由村委会作为主体享有所有权。根据《村民委员会组织法（试行）》第2条规定：“村民委员会是村民自我管理，自我教育，自我服务的基层群众性自治组织。”村民委员会不是农村集体经济组织，而是农村群众自治，由于该组织体极为松散，因此，村民小组的权力完全落入村民委员会的少数领导手中，所谓的村民小组对土地享有所有权，在很多地方变成了少数人的对土地的事实上的支配权力
我国土地所有权包括国家土地所有和农民集体土地所有两种所有权。国家和农民集体是我国土地所有权的主体，国家和农民集体对自己所有的土地行使权利受法律保护。 (1)国家土地所有权 国家土地所有权是指国家作为土地所有权的权利主体依法对国家所有的土地享有的占有、使用、收益和处分的权利，由国务院代表国家统一行使，国家以外的任何社会团体和个人都不得作为国有土地的所有权人。 国有土地的范围包括：城市市区的土地;农村和城市郊区中已经依法没收、征收、征购为国有的土地;国家依法没收、征收的土地;依法属于国家所有的荒地、山岭、滩涂、林地和森林、草原、水域所覆盖的土地;依法属于国家所有的名胜古迹、自然保护区的土地;国有公路、铁路、学校或其他公用事业占用的土地;其他一切不属于集体所有的土地。 国家土地所有权具有以下法律特征：(1)国家土地所有权的权利主体是唯一的，即国家;(2)国家土地所有权客体广泛，包括：城市市区的土地，国有的山岭、荒地、滩涂，国有森森、草地、水面所占用的土地等;(3)国家土地所有权的取得方式上带有国家的强制性;(4)在土地所有权的确认方面，国家土地所有权直接以法律的形式确认，不进行国有土地所有权登记，中国境内的一切未被确认为集体所有的土地均属于国家所有。 (2)集体土地所有权 集体土地所有权，是指农村集体经济组织对其所有的土地行使占有、使用、收益和处分的权利。 农民集体所有土地的范围包括：(1)除由法律规定属于国家所有以外的农村和城市郊区的土地。也就是说，农村和城市郊区的土地原则上属于集体所有。(2)宅基地和自留地、自留山。农民集体所有的宅基地，主要是指农民用于建造住房及其附属设施的一定范围内的土地;自留地是指我国农业合作化以后农民集体经济组织分配给本集体经济组织成员(村民)长期使用的土地;自留山是指农民集体经济组织分配给其成员长期使用的少量的柴山和荒坡。 农民集体所有权的主体他和权利行使三种形式：一是村农民集体所有，由村集体经济组织或者村民委员会代表集体行使所有权;;二是村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有，由村内各该集体经济组织或者村民小组代表集体行使所有权;三是乡(镇)农民集体所有，由乡镇集体经济组织代表集体行使所有权。 农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，确定农民集体所有的土地的权属性质、面积、坐落，核发集体土地所有权证书，确认所有权。