耳疥虫是非常小、白色、像小蜘蛛的体外寄生虫，寄生在猫咪的耳朵耳挤虫内，会造大量黑褐色的耳垢产生，猫咪会由于耳朵非常痒而一直搔抓。大部分感染是经由经常接触已感染耳疥虫的母猫或是其他猫咪而染上。搔抓耳朵或是甩头的次数变得很频繁，褐色至黑色的耳垢也异常增加；有些猫奴会发现每天清理耳朵，隔天却还是会有很多耳垢出现，主要是由于耳疥虫会刺激耳朵的耵聍腺分泌耳垢。有些猫咪由于过度抓痒而造成耳朵周围、耳朵内和颈部的皮肤发炎及出血，甚至是耳血肿的形成。
苏格兰折耳猫本身就是一种突变品种，其基因中存在许多不稳定性，在某些国家更是明文规定折耳猫不可以跟折耳猫进行育种，由于会有太多可怕的先天缺陷及畸形发生，最常见的就是内生软骨瘤病，特征包括短尾、掌骨、跖骨与趾骨过短、骨头融合、外生骨赘，在1岁时就可能出现严重的跛行症状。很多小猫的传染病是经由母猫传染的，假如母猫存在着某些传染病或者带原，所生下的小猫几乎无一幸免，站在优生学的立场，这样的母猫在未治愈之前，是不适合育种的。小猫因上呼吸道感染，造成眼、鼻脓的形成皮霉菌病、耳疥虫、疥癣母猫若已感染这些疾病，生下来的小猫会经由接触而被传染，若要防止新生小猫被传染，就应该在出生后立即与母猫隔离，完全由人工抚育。