先去房管局问下你的自建房是否可以办理相关房产证，然后才问相关流程和费用。

1、需要在你自建房所在区委会开证明、介绍信、证明自建房的权属。 2、再到你自建房所在城镇土管所办理土地使用证。 3、到你自建房所在城镇建办补办自建房的审批件。 4、拿着以上手续到自建房所在城镇房管所办理房产证。

有房产证就证明房子是合法的受保护的，当然了，自建房有房产证需要去当地房产中心查下虚实。