主要分布于中国中部省份陕西，四川和湖北，呈不连续分布的少数种群，多见于稻田旁的水沟中，属于中国特有种。

　　云南闭壳龟被发现和命名已有100年，但自G1A1Boulenger 1906年依据云南省6 号标本命名后，仅有张玺和成庆泰于1946年在昆明西山采集到1号标本的报道，此后58年间一直未再见活体报道。《中国濒危动物红皮书———两栖爬行动物》将其列为野生绝灭种。

　　2004～2005年云南昆明先后发现2只(雌雄各1只)活体，这是半个多世纪以来发现的唯一经证实无误的生活的云南闭壳龟。2006年，Torsten Blanck等报道了历史背景、分布等状况，并首次报道了云南闭壳龟的人工饲养和生长状况：两只龟生活在19～31℃水域中，没有冬眠期，雌龟杂食性。[