不洁净的饲养环境很容易造成黄肚红耳龟发生疾病，所以在养殖时要特别注意水质的问题，黄肚红耳龟对于环境的布置要求不高，只要有良好的水质，通常可以饲养的很好。

　　虽然黄肚红耳龟是最容易养，也最不挑剔的水族箱养殖动物，但是有一个缺点：它们排泄太快大多，加上温度高，剩余的饲料容易腐败，所以水总是发臭。才换过水两天，又变成一池浑汤，连黄肚红耳龟都几乎看不见了，这是因为单胞藻繁殖的缘故，水中养份充足、温度合宜，绿藻养繁殖极速。

　　最简单的办法是完全换水。喂食后四小时把旧有脏水放掉、抽掉、倒掉。然后以中等硬度的刷子和清水刷洗容器四壁和底面。清洗时先把黄肚红耳龟放到一个塑胶盆里或池畔的陆地上跑不掉的地方。注入温度适宜的清水后再把龟放回水中。

　　有些种类的沼泽龟或水龟不太能适应完全换清水，但黄肚红耳龟不久便能习惯于这种作法和给它带来的干扰。完全换水仍有一个缺点二会诱使彩龟加速排尽肠中粪便，把刚换过的水又弄脏了，所以最好在换水后不久察看一下养殖箱(池)，把粪便清除。