蛋白的主要化学成分是一种蛋白质。禽蛋放置的时间一长，蛋白中的部分蛋白质会分解成氨基酸。氨基酸的化学结构有一个碱性的氨基-NH2和一个酸性的羧基-COOH，因此它既能跟酸性物质作用又能跟碱性物质作用。所以人们在制造松花蛋设计，特意在泥巴里加入了一些碱性的物质，如石灰、碳酸钾、碳酸钠等。它们会穿过蛋壳上的细孔，与氨基酸化合，生成氨基酸盐。这些氨基酸盐不溶于蛋白，于是就以一定几何形状结晶出来，就形成了漂亮的松花。另外，因为松花蛋的蛋黄中有很多蛋白质分解变成了氨基酸，所以松花蛋的蛋黄吃起来比普通鸡蛋的蛋黄鲜得多.松花蛋虽然营养丰富，味道鲜美，但是其碱性过大，故不宜多吃。有些松花蛋有氨气气味之原因是因为氨基酸分解等复杂反应产生氨气，建议在食用松花蛋时，加点陈醋，醋能杀菌，又能中和松花蛋的一部分碱性，吃起来也更有味。