每年七月发情，在5-8月期间交配，雄性巨蜥通过打斗来确定交配者，时常有伤亡发生。胜利的雄性巨蜥会用下巴摩擦雌性的头，刮她的背，若雌性巨蜥对雄性满意，则会反过来摩擦雄性。一般来讲，交配后，雄性会继续留下几天，阻止其他雄性交配。巨蜥约于9月产卵。刚成熟的雌蜥只能产4-6枚卵，每隔2-3天产一次，一窝卵平均有20颗卵，孵卵期为7个月，雌性会将卵产在地底或树穴，保护它们。十岁左右，进入产卵旺期，每次产下二十几枚，将卵埋在沙窝里，靠太阳辐射的自然温度孵卵，八个月后，幼蜥才破壳而出。刚出壳时，小蜥大小如同我们饲养的家鹅。它能活50年左右。

　　孤雌生殖孤雌生殖(parthenogenesis)也称单性生殖，即卵不经过受精也能发育成正常的新个体。科莫多巨蜥雌性有时候会孤雌繁殖，即不需要雄性即可繁殖后代。在英国的切斯特郡立动物园在2006年5月期间，一只单独饲养的雌性科莫多龙flora居然发生了孤雌生殖的奇特现象——也算是称得上是孤雌生殖现在在蜥蜴中的最高等的表现。