斑叶堇菜为低矮无茎的多年生小草本。叶片通常呈圆形，上面绿色并沿叶脉有明显的白色斑状条带，下面常带紫红色，但有时呈绿色，在自然生长状态下极易识别。但在果期或干标本上，叶下面的紫红色常退色变为绿色。

　　斑叶堇菜的花红紫色或暗紫色，下部通常色较淡，长1.2-2.2厘米;花梗长短不等，超出于叶或较叶稍短，通常带紫红色，有短毛或近无毛，在中部有2枚线形的小苞片;萼片通常带紫色，长圆状披针形或卵状披针形，长5-6毫米，先端尖，具狭膜质边缘并被缘毛，具3脉，基部附属物较短，长1-1.5毫米，末端截形或疏生浅齿，上面被粗短毛或无毛。

　　花瓣倒卵形，长7-14毫米，侧方花瓣里面基部有须毛，下方花瓣基部白色并有堇色条纹，连距长1.2-2.2厘米;距筒状，长3-8毫米，粗或较细，末端钝，直或稍向上弯;雄蕊的花药及药隔顶端附属物均各长约2毫米，下方2枚雄蕊的距细而长，长可达4毫米，粗约0.3毫米。子房近球形，通常有粗短毛，或近无毛，花柱棍棒状，基部稍膝曲，向上渐增粗，柱头两侧及后方明显增厚成直伸的缘边，前方有明显的短喙，喙端具向上开口的柱头孔。