服用深海鱼油剂量过高，会导致血液不易凝结，增加出血的风险。可能会出现的深海鱼油的副作用有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。因此，选择鱼油类补充剂时，要选择纯度高，提取自深海无污染鱼类的鱼油产品。

　　由于某些鱼类含有汞，而汞污染物的大量存在，会损害新生儿以及儿童正在发育的神经系统，婴幼儿应慎吃鱼油。美国已有研究证明长期足量地摄入DHA可将孩子的智商提高7%，视力提高0.2%。由于深海鱼油富含大量DHA，成了一些家长为孩子预备的“补品”。但婴幼儿缺乏相应的酶，对深海鱼油中的汞无法“解毒”，服用后效果可能适得其反。